1777-ben az oktatási reform keretében Mária Terézia Budára, a várba költöztette a nagyszombati egyetemet, az átalakítási munkák ismét Hilldebrandt mesterre hárultak. Új neve: Regia Universitas Budensis (Budai Királyi Egyetem). Az előadótermek a várpalota mellett külön épületben voltak, míg az orvos-sebészek gyakorlati képzése a régi Szent János Kórházban történt.
